这次的规划还指出，南京要加快制定外地高污染车辆限行政策，将禁止低于国Ⅳ排放标准的外地车辆进入中心城区。扩大高污染机动车限行区域，延长限行时间。这份规划明确，为了加大高污染车辆淘汰力度，到2014年6月底淘汰全部黄标车。与此同时，加快淘汰老旧机动车，淘汰主城区内燃油助力车。
南京市这次提出，提高机动车和非道路动力机械排放标准，在2014年1月实施机动车国V排放标准，并对非道路动力机械实施环保标志管理。此外，这份规划还提出，要完善智能化机动车管理系统，探索实施交通排污费征收调控手段。制定新能源汽车推广实施计划，鼓励发展电动汽车等新能源汽车，出台购置优惠，规划建设充电设施。推广使用清洁能源。所有公交、出租车辆均达到国Ⅳ以上标准。
新概念生态涵养区
严控人口规模一级管控区严禁开发
在老城减负和新城扩容的背景之下，南京还专门提出了“生态涵养区”的概念。南京市提出要重点保护南京北部和南部两大生态涵养区，构建以河湖岗地为主的生态空间、以中心城镇为核心的居住空间、以重点工业园区为载体的产业空间。
在生态涵养区，将严禁不符合主导功能定位的开发活动，控制人口规模。北部地区，重点保护六合浦口岗地丘陵生态区，保护中小型水库及其水源涵养区和重要的农产品供给基地。南部地区，重点保护石臼湖—固城湖滨湖平原与岗地生态区，改善石臼湖和固城湖水质，保护重要的农产品、水产品供应基地，形成良好的生态绿色屏障和市民观光休闲空间。
而相比于泛泛的生态涵养区，有红线护身的生态功能区将受到更加严格的保护。南京市提出，在全市重要生态功能区划基础上，将自然保护区、集中式饮用水源保护区、湿地、水体、山林等重要区域划定为生态红线区域，着力保护93处重要生态功能区，确保生态红线区域占全市国土面积22%。
具体而言，是要重点保护钟山风景名胜区等15处风景名胜区，六合国家地质公园等3处地质公园，夹江饮用水源保护区等21处饮用水源地，六合河王坝水库水源涵养区等14处水源涵养区
