普者黑曾经围湖造田，至水域面积大幅缩减，在农业污染下，水体环境承载压力增大，天然湿地及水草自然净化能力退减，加之周边村镇生活污水面源污染，塘内荷花叶杆腐烂淤积的污染，水质连年下降。

不过现在的普者黑湿地内种植了70余种水生植物，万亩碧莲风中摇曳。近日，由省人大环资委牵头，17家省级部门联合组织的“2011年云南环保世纪行”采访团走访了文山、红河等地。

近年来，丘北县先后投资700多万元，建成湖滨带治理示范项目一、二期工程，八道哨畜禽养殖污染综合治理示范项目，仙人洞村污水生态处理示范项目等，关闭了普者黑上游鱼塘和位于核心景区湖边污水直排入湖的“农家乐”，取缔了拦河养鱼和水上烧烤。目前，普者黑水质稳定达Ⅲ类水质标准。