农村环保工作随着生态文明建设的推进而不断深入。笔者认为，其中的“农村”应更确切地表述为农业生态系统，即包括以农为主、林、牧、副、渔、畜禽、菌菇和农产品加工等相关产业，气候、土地、水利、生物等相关资源、环境与设施以及农村与农民，其具有产业(农业)、生态和系统特征。而进行农业生态系统环境保护应注重这些特征。
多点并重，突出农业特征。作为特殊产业，农业生态系统具有特别重要的社会、经济和环境功能，同时也面临相应的社会经济问题和同样重要而紧迫的环境问题。对此，一要高度重视。农业生态系统环境问题应与“三农”(农业、农村、农民)问题、农村经济问题并重，并要着力促使协同解决农业生态系统经济、社会和环境问题。二要加强环境监管。要综合采用政治、经济和技术手段，完善法规，加大经济技术投入，将发展农业循环经济作为环境保护的根本途径，将农村环境质量纳入地方政府领导干部目标责任考核，将农业环境绩效与惠农和农业补贴政策挂钩。当前加强农业生态系统环境监管的重点是整治面源污染和乡镇企业。乡镇企业应与当地农业生态系统相容，作为其生态链上的有机组成部分，而不能成为转移污染、占用农田、甚至逃避环境监管的便道。与当地农业生态系统不相容的工业、企业应转入相应的工业园区，有污染的矿产开采区域应与农业区域分离。
走出“小环境”，强调生态特征。农业生态系统环境问题包括环境污染和生态破坏，后者往往是渐进的，甚至在短期内不易被觉察，但其影响往往更广泛、更长远、更难以恢复。强调农业系统的生态特征，就是要切实拓展传统的水、气、声、渣等传统监测要素、化学需氧量等理化指标，以及污水处理等小环境技术圈层，用生态学的原理和方法分析和解决农业生态系统环境问题。例如，人是农业生态系统的重要组成部分，也是系统中最活跃的、影响最深
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