排污权的建立和实施需要一系列完善的制度相配套。没有制度的支持和配套，排污权交易的最终结果便可能与初衷相背。中国现行排污权交易的环境经济政策的基本原则是污染者负担，其本身受到许多现实条件约束，无论在具体执行过程中还是在企业排污方式选择中，都存在着许多矛盾和冲突。同时，排污权交易存在着地区环境污染隐形转嫁的可能,容易引发不符合科学发展的种种环境问题。综合考察，目前，排污权交易制度设计和实施中尚存在如下几方面的制约和现实困境。

    第一，环境容量及其价值确定问题。排污总量是排污权交易的上限，任何交易都不能超越环境容量。基本环境容量不能明确确定，交易就无从谈起。所以排污权交易过程首先要确定环境容量并对环境容量进行科学的评价与测算。政府管理部门一般根据环境目标控制点的环境质量标准，结合污染物的性质和扩散模式，确定区域内的污染物允许排放量，即环境容量。但目前的测定方法在准确性和客观性上存在局限，不同方法之间的相容性较差。

    第二，排污权的分配问题。排污权初始状态和配置是在科学确定排污总量的基础上，对环境容量这一公共资源的使用权的公正分配，排污权初始配置直接涉及到排污者在市场中的博弈行为选择和经济利益，并且影响到环境容量资源的配置效率。现有的配置方法主要有政府无偿分配方式和有偿分配方式。有偿分配方式一般在政府确定统一价格后在拍卖市场拍卖，通过市场竞争方式达到最优，但是也有集团操纵、企业对购买排污权的风险和使用量预期不确定性等问题。无偿分配是政府采取发放许可证的办法。如果政府的权力过大就可能影响排污权初始分配的公平,引发政府官员环保“寻租”行为等棘手问题。

    第三，排污权交易信息平台和交易市场完善问题。排污权交易制度的目标在于激励企业减少排污，改进技术,最终实现可持续性成长。而实施的关键在于交易的建立和有效形成。但如果市场的交易成本过高，企业就会失去动力，所以就需要政府组织建立快捷并且信息能够充分交流的交易平台，以降低交易成本和交易的不确定性。

    第四，相关法律制度支持的缺失问题。产权理论是排污权交易的理论基础。法律确认的排污权应该是单位和个人在正常的生产和生活过程中向环境排放必须和适量污染物的权利。按法律解释，是排污权拥有者可以依法占有、使用、收益和处分的权利。但我们不能就此把排污权片面地理解为向环境任意排放污染物或污染环境的权利。目前我国环境行政主管部门颁发的排污许可证所确认的排污权，是从经济理性和收益最大化原则出发所设计的一种适时策略，只是一种行政性的个人权利，从法律上讲，并不具备可以自由转让或交易的性质。