重庆市坚持把三峡库区水环境保护作为事关整个国家生态安全的大事来对待，市政府专门成立了三峡库区水污染防治领导小组。 

“十一五”以来，以水质改善和饮用水水源保护为重点，累计投入600多亿元用于库区水环境保护项目建设和运行。全市已累计建成城市生活污水处理厂200余座、垃圾处理场51座，实现县城及重点小城镇以上污水垃圾处理全覆盖。连续八年将饮用水源保护列为民心工程予以重点推进，建立了覆盖851个乡镇957个点位的全市饮用水源信息管理系统，完成了500人以上集中式饮用水源保护区的划定和界碑设置，清理了饮用水源保护区范围工业污染源、市政排污口和餐饮娱乐船舶，取缔了网箱、网栏养殖和承包养殖行为，完成了主城区14个城市集中式饮用水源环境状况评估和整治。 

新建工业企业全部进入工业园区，100多家企业已搬迁入园，实现了污染集中控制、环境风险集中防范。在9个区县、27个示范片区、219个行政村开展了农村环境连片整治和生态示范建设，70余万农村人口直接受益。 

加快推进船舶废弃物集中处理工作，主要客运港区设置了固体垃圾接收站，30马力以上的运输船舶安装了油水分离设备和污油水储存装置，1300多艘船舶安装了一体化生化处理装置。三峡库区经受住了三峡工程175米蓄水考验，库区水质稳中趋好。